Moodulmaja puudusteks on:
- Arhitektuurne vabadus on üsna piiratud. Soodne on ehitada vaid lihtsa geomeetriaga hooneid
- Nõuab hoolikat ja aeganõudvat planeerimist
- Kõik siseviimistluse detailid peavad olema paigas enne lepingu sõlmimist, sest need mõjutavad suuresti ehituse hinda
- Kõik tehnilised lahendused peavad olema paigas ja disainitud enne lepingu sõlmimist.
- Disainiks ja lepingute sõlmimiseks kuluv aeg on palju pikem kui elementidest ehitades või kohapeal ehitades
- Kohapealsed muudatused on välistatud
- Elementmajadega võrreldes on vaja rohkem veoautosid